Prva imena ljupkog grada zabilježena su u dubrovačkim izvorima (Liubussa-20. februara 1438., Lubusia 21. februara 1444. i Lubussa 18. maja 1444. godine). Ime Ljubuški se prvi put navodi u dva dokumenta iz 1452. godine.
Iz jednog sačuvanog konceptu pisma od 4. aprila 1452. godine saznaje se da su u dubrovačkom ratu hercegovom najstarijem sinu pali u ruke stoni grad Blagaj i drugi gradovi Huma, osim Ljubuškog (Lett. di Lev. XV, 110. 4. IV 1452., "et ha preso Blagay e tutta la contrada de Chelmo excepto Liubuschi.").
U junu 1452. godine bosanski kralj Stjepan Tomaš pristupio je savezu sa Republikom sv. Vlaha u ratu protiv Hercega. Ne zna se gdje je kralj prešao Neretvu, niti gdje je boravio, ali se zna da se nalazio pod Ljubuškim ("sotto Lubischi ") i da ga je zaista osvojio.
U tri povelje o posjedima hercega Stjepana Vukčića Kosače (prva, 19. januara 1444., druga, 20. januara 1448 i treća, 1. juna 1454.), u popisu dobara hercegovih ne navodi se Ljubuški. Učeni Vego o tome piše: Tri povelje o posjedima Stjepana Vukčića Kosače nikako nisu uzele u obzir sve posjedovne odnose porodice Kosača. Prema drugim historijskim izvorima, neki gradovi bili su u rukama hercega Stjepana, iako nisu bili upisani u poveljama.
U povelji iz 1454. godine, pored velikog broja utvrđenja i drugih posjeda hercegovih, navodi se i grad Lublano (civitate Lublano cum castris et pertinentiis suis-grad Lublano sa svojim utvrđenjima i posjedima). Civitas Lublano je, po ocjeni uglednog historiografa Mihajla Dinića, grad Ljubuški.
Promjena imena ljupkog grada u periodu od samo dvije godine i novi naziv Lublano do danas nisu objašnjeni.
U prvom udaru u junu 1463. godine Osmanlije su samo oko mjesec dana držale Ljubuški. Povratio ga je hercegov sin Vladislav koji dan prije 18. jula 1463. godine kada je vijest stigla u Dubrovnik: Prima pars est de donando ambassiatori voyuode Vladissaui, qui tulit nouum pro Gliubuschi recuperato.
Ime Ljubuški u osmanskom periodu dugom preko 400 godina ostaje bez bitnih promjena. Osmanlije su selo, varoš i kasabu nazivali Lupuška ili Lubuška (u turskom, kao i u latinskom, ne postoji glas lj).
Pored osnovnog oblika Ljubuški sreću se ponekad oblici Ljubuško i Ljubuška, izuzetno rijetko Ljubočki, Ljubočko, Ljuboški i Ljuboško, kako se navodi u Vukovom rječniku.
Prema podacima iz osmanskih deftera (popisa naselja, domova, prihoda i poreznih obveznika), Ljubuša i Ljubuški su dva posebna naselja. U defteru iz 1468-1469. godine nema pomena o selima Ljubuša i Ljubuški, jer oni do tada nisu bili zauzeti.Osmanlije su se približile Ljubuškom i Ljubuši zauzevši sela Brotno, Kočerin i Lipno koje su pripojili mostarskoj nahiji. U ovom defteru upisano je selo Lubuša (Ljubuša), ali u nahiji Uskopje.
U defteru iz 1475-1477. godine upisana su sela Donja i Gornja Ljubuša. Prvo je pripadalo nahiji Samobor, sada zaselak Ljubuša u općini Goražde, drugo u nahiji Dabar, sada zaselak Ljubuša u općini Foča.
Selo Ljubuški upisano je kao timar* posadnika tvrđave Ljubuški dva puta, sa ukupno 19 domova nemuslimana i tri neoženjena nemuslimana. Navodi se i mjesto Ljubišna koje pripada mostarskoj nahiji, ali Aličić ne vjeruje da ono ima veze sa selima Ljubuša i Ljubuški.
U vlaškom defteru iz 1497-1500. godine nema spomena selima Ljubuša i Ljubuški, vjerovatno zato što su u ovim naseljima živjeli samo ratari.
U jednom nedatiranom popisu Hercegovine koji je nastao vjerovatno u periodu od 1570. do 1579. godine u ljubuškoj nahiji upisana su sela Ljubuša i Ljubuški.Ljubuša se navodi tri puta, jednom kao mezra** sa prihodom od 400 akči ***, drugi put kao veliko selo sa prihodom od 3.600 akči i treći put kao selo sa prihodom od 500 akči.Naselje Ljubuški upisano je tri puta i to dva puta kao selo sa prihodom od 1.000 i 700 akči i kao varoš sa prihodom od 1.400 akči.
U posljednjem defteru Hercegovine iz 1585. godine navode se selo Ljubuša i selo Ljubuški sa samom varoši Ljubuški.
Selo Ljubuša je bilo timar nekog Rizvana, posadnika ljubuške tvrđave. Selu je pripadala samo jedna baština koju su držali Musa i Mustafa, sin Ahmeda i plaćali porez u iznosu od 100 akči.Po visini ukupnog prihoda može se pretpostaviti da je selo prije toga privredno stagniralo i postepeno gubilo raniji značaj.
Ljubuški se navodi kao selo i varoš sa 30 muslimanskih i 12 nemuslimanskih kuća. Ukupan prihod Ljubuškog bio je dosta velik i iznosio je 8.440 akči.
Navedeni podaci iz osmanskih deftera pokazuju da su Ljubuša i Ljubuški dva odvojena naselja i da selo Ljubuški nije nastalo od sela Ljubuša. Time postaje još upitniji i zagonetniji postanak imena ljupkog grada.
Dok se pitanje postanka imena ljupkog grada naučno ne riješi, ostaju narodne predaje. Ima ih nekoliko, a zabilježili su ih poznati zaljubljenici ljubuške prošlosti Alija Bejtić, Kasim Gujić, Mahmud Konjhodžić i Ivan Zovko.
Predaja da je ljupki grad dobio ime po vrelu Ljubi, (do sada nerazjašnjeni naziv vrela Gožulj) ostala je sačuvana među ljubuškim Bošnjacima.Učeni Alija Bejtić navodi da mu je u Ljubuškom 1974. godine Gožuljanin Mehmedalija Mahić-Dalko (1905.) prenio domaću legendu po kojoj je herceg Stjepan sagradio grad ne u Tihaljini, nego iznad današnjeg Ljubuškog, po savjetu vile iz planine:
Nemoj grada ti u Tihaljini,
idi dolje Ljubi vodi hladnoj.
"Ljuba voda hladna "je vrelo Gožulj. Ovo nepresušno vrelo i strateški položaj brda Buturovica uticali su na graditelja da sagradi grad na sadašnjem mjestu.
Sličnu predaju zabilježio je i Kasim Gujić:
Herceg je počeo graditi grad tridesetih godina XV vijeka pod brdom Ljubečom u selu Tihaljini, nedaleko od sadašnjeg Ljubuškog. Tu grada nije sagradio, jer to mjesto nije bilo zgodno za grad, tj. nije na velikoj uzvisini i valjda nije u samom mjestu bilo vode niti vrela, kratko rečeno, nije bilo na tom mjestu pristanište ni konju, ni junaku. Ostaci tih zidina još se i danas vide. Herceg Stjepan to mjesto napusti i pođe vrelu Ljubi (danas Gožulj) u Ljubuškom i tu pokraj vrela na brdu sagradi grad Ljubuški.
Gujić tvrdi da je najvjerovatnija narodna predaja o postanku imena grada vezana za djevojku Libušu (staroslavensko ime za Ljubušu) iz sela Komorana kod Livna:
Herceg Stjepan ostao je udovac te je zaprosio iz sela Komorana kod Livna djevojku, ali je ta djevojka u nesvijest pala kad je ugledala svog starog đuvegiju i za Hercega se nije udala. Poslije dvije godine zaprosi Herceg Stjepan tu istu djevojku za svog sina Stjepana. Pokupio je svatove i poveo djevojku Libušu. Kad su svatovi bili u Golinjevu nedaleko od Livna (15 km) tu se svidjela nevjesta Hercegu Stjepanu i on se odluči njome oženiti. Na tom mjestu je Herceg sagradio bazen od miljevine. Taj bazen i vrelo narod je nazvao Svekar kao uspomenu na taj događaj. To vrelo i danas je dobro sačuvano. Kad je Herceg Stjepan stigao u ljubuško polje poručio je svom sinu Stjepanu u Blagaj: Ovo je moja, a ti sebi traži drugu.
Narodna predaja koju je zabilježio Mahmud Konjhodžić postanak imena grada veže za ime hercegove žene Ljubuše (Libuše):
Ta priča kazuje da su Mlečani uputili sultanu u Carigrad jednu vrlo lijepu balerinu, za njegov harem. Mlečanka je putovala kroz Hercegovinu preko veza Hercegovih. Kad je Stjepan vidio ovu ženu, toliko mu se svidjela da je ljepoticu zadržao za sebe-kraj žive žene Ljubuše (Libuše) i mnogo djece. Da bi nesmetano uživao s Mlečankom i u svojim gradovima Blagaju i drugim, sagradio je za svoju zakonitu ženu Ljubušu i djecu novi tvrdi grad Ljubuški koji se po Ljubuši i prozvao.
Prema pisanim izvorima, nijednoj od tri hercegove žene nije bilo ime Ljubuša. Palavestra je zabilježio jednu jezgrovitu narodnu predaju od hercegovačkog kazivača Mate Miškovića-Miška iz sela Duži kod Neuma (1889):
Herceg Stjepan htio je da ženi sina, pa mu poš'o po nevjestu. Naš'o je tamo neđe. Te kad su se vraćali kući svatovi, u Imotskom prvi put vidio snahu, tamo konake činili. Pa budi na konaku u Ljubuškom, tu je oteo od sina, ne dao je sinu, pa se mjesto prozvalo Ljubuški...
Učitelj Ivan Zovko, najveći hercegovački folklorista, sačuvao je narodnu predaju prema kojoj je grad dobio ime po knjeginji Ljubi, ženi hercega Stjepana:
Ljuba, žena Ercega Stjepana, šetala se jednom sa svojijem dvorskim gospođama, te se malko od njih udalji i zađe u neku malu šumicu. No što je ona dalje zalazila, sve ju je nešto dalje vuklo, a šumica je sve više rasla i širila se i napokon postane gustom i nepreglednom šumom. Sva u strahu i upravo izvan sebe, lutala svijetla gospođa neprestano po šumi, ne bi li kako tako našla put i izlaz, da se odavle po što po to ispriprosti. Dok je ona tako tumarala, tražeći svoj spas, dotle su je njezine gospođe, pune brige i straha iskale i dozivale, te napokon, kad im nije pošlo za rukom da je nađu, otiđu u dvorove ercega Stjepana i kažu sve što je i kako je. Namah s mjesta bude naređeno najboljijem junacima ercegovim da je traže i da premetnu i obigraju brda i doline, ne bi li je gdje god našli. Ali svaki trud bio im je izlišan i uzaludan. Nje nema, te nema. Već se stalo i sunoćavati, ali od vojvotkinje ni glasa, ni traga kao da ju je more popilo. Vas dvor bio je u crno zavit i u najvećoj žalosti. Svašta se nagađalo i opet pogovaralo. Jedni su je čak držali i mrtvom, ko da je nikad ni Bog nije dao. Ovo je mnijenje za najviše maha prestalo kad se saznalo, kako se nenadno iz nebuha i na jednoć stvorila ona velika i strahovita šuma, koju je priča brzo napunila najužasnijim i najgoropadnijim dusima. Od te šume svak je odsle zazirao više nego od smrti. Plač i lelek orio se po cijelom dvoru i po svojkolikoj vojvodini, jer se bio glas već svuda raznio o tom nemilom i nenadnom događaju. Dok se sve ovo ovako zbivalo i dok su hrabri junaci i prvi dostojanstvenici vojvodstva obijali gore i bregove, tražeći nesretnu gospođu, ljubu svog gospodara, dotle je ona sva iznemogla i poništena u najvećem očajanju na pola mrtva pala pod jedan hrast. Ovaj hrast bio je nekoć na sred srijede današnjeg Ljubuškog, a ona čudnovata šuma protezala se na sva četiri kraja okolo njega. U kasno već doba noći usnije knjeginja vrlo lijep san, koji ju je, čisto da reknem, oživio i ozdravio, a malo za tijem se probudi i okrenu ponešto na desnu stranu. Sjajna mjesečina već je bila povisoko odskočila na obzor i čarobno je provirivala kroz gusto granje. Čim se ona okrenula na desnu stranu, odmah primjeti, kako malo dalje od nje zemlja postepeno raste i visi se. Čas prije to je bila ravna čistina, od koje je narastao najprije omalešan brežuljak, koji se sve više i više uspinjao, dok se napokon ne rastvori i zasja se svuda iz njega naokolo velika i divna svjetlost. U najvećem strahu i uzbuđenosti od koje se malo prije lijepim snom okrijepila, gledala je sada smrtnijem pogledom hercegova ljuba ovaj prizor. A još, kad se ukazala u onoj svjetlosti čudnovata i prelijepa gospođa, koja je bila blažena djevica Marija sa silnom množinom anđela, tada ona nije više znala, gdje je. Smrtni strah bio je posvema obuzeo. Tresla se kao šiba na vodi. Na to će joj reći sveta bogorodica: Ne treba, draga, ni najmanje da se bojiš. Sam je Bog htio, da ti ovamo zađeš i da se sve stvori, te da me izbaviš iz crne zemlje. Mnogo je godina otkako čamim pod zemljom. Ja sam bila prilika same djevice Marije ; pa kad su navalili na crkvu i razorili je, spasla sam se pod zemlju od griješne ruke. Bog mi je bio još onda naredio,da će me izbaviti nekakva kraljica, koju eto u tebi vidim. Lijepa nek ti je hvala i prosto ti budi zaželjeti, što se samo pomisliti može, a ja ću ti to odmah ispuniti.
Kad je to čula i razumjela kneginja, malo se povratila i došla sebi i zaželi da na onom mjestu postane grad. Odmah čim je ona to i pomislila, istoga onog časa stvori se lijep grad, a one šume nestane, ko da je nije nigda ni bilo. Kneginja, kako je bila dobra i pobožna, pokupi iz cijele svoje zemlje sve siromahe i jadnike, što ih je bilo, te im pokloni ovaj grad i u njem ih nastani. A ti siromasi i jadnici, da se što zahvalnijim pokažu prema svojoj dobročiniteljici, prozovu taj poklonjeni grad Ljubuški po njezinom imenu Ljuba i što ih je kao rođena majka ljubila, pa se tijem imenom taj grad još i danas zove.
* timar - plata vojnika koju je dobivao iz naturalne rente-desetine i izravnih i neizravnih poreza, koji nisu ulazili u carski has. Timar nije feudalni posjed, jer timarnik-spahija nije imao nikakva svojinska ni upravna prava nad rajom koja je obrađivala mirijsku zemlju (Aličić).Godišnji prihod od timara nije prelazio 20.000 akči.
** mezra - staro selište, napušteno ili raseljeno selo, odnosno mjesto koje je imalo svoj teritorij, granice i tragove ranijeg naselja (groblje, bunar, česma, voćnjak, itd). Obično je na tom selištu ponovo osnivano selo.
*** akča - sitni turski srebeni novac.
- Tošić Đ. Trg Drijeva u srednjem vijeku. Sarajevo: Veselin Masleša 1987.
- Kovačević-Kojić D. O naselju Drijeva i njegovom položaju. Godišnjak Društva istoričara Bosne i Hercegovine XXI-XXVII. Sarajevo, 1976.
- Kovačević-Kojić D. Gradska naselja srednjevjekovne bosanske države. Sarajevo: Veselin Masleša,1978.
- Vego M. Prilog poznavanju srednjevjekovnih gradova hercega Stjepana Vukčića Kosače. Most 1980 ;28-29: 129-140.
- Dinić M. Zemlje hercega Svetog Save. Glas SKA CLXXXII, drugi razred, 92. Beograd, 1940.
- Truhelka Ć.Dubrovačke vijesti u godini 1463. Glasnik Zemaljskog muzeja XXII, 1910.
- Sumarni popis sandžaka Bosna iz 1468/69. godine. Dešifrirao i sa osmansko-turskog jezika preveo, naučno obradio i za štampu priredio Ahmed S. Aličić. Mostar: Islamski kulturni centar, 2008.
- Poimenični popis sandžaka vilajeta Hercegovina. Uvod, prevod, napomene i registre priredio Ahmed S. Aličić. Sarajevo: Orijentalni institut, 1985. Aličić AS.
- Prilog proučavanju istorije Ljubuškog i okolice u XV i XVI stoljeću. Zbornik radova 100 godina muzeja na Humcu. Ljubuški, 1985.
- Rječnik hrvatskoga ili srpskoga jezika. Zagreb: Jugoslavenska akademija znanosti i umjetnosti, 1904-1910.
- Bejtić A. Ljubuški i Ljubušaci u Kačićevom Razgovoru ugodnom naroda slovinskoga. Sarajevo: Akademija nauka i umjetnosti Bosne i Hercegovine. Radovi-Knjiga LX. Odjeljenje društvenih nauka, knjiga 19., 1977.
- Gujić K. Hercegovina, Herceg Stjepan, hercegov stari grad Ljubuški i njegovi gospodari. Obzor 1931 ; 173-7.
- Konjhodžić M. Kronika o ljubuškom kraju.Knjiga prva. Ljubuški: Općinski odbor SUBNOR-a, 1974.
- Mulić J. Hercegovina. Prvi dio. Feudalna oblast srednjevjekovne bosanske države. Sarajevo, 2004.
- Palavestra D. Historijska usmena predanja iz Bosne i Hercegovine. Sarajevo: Buybook ; Zemun: Most Art, 2004.
- Zovko I. Kako je postao Ljubuški i njegovo ime. Glasnik zemaljskog muzeja. God II, knjiga II, 1890: 237-8.